W
Wybuch II wojny światowej zastał Stefana Wyszyńskiego we Włocławku. Już jesienią 1939 roku był poszukiwany przez gestapo. Biskup pomocniczy włocławski Michał Kozal, w trosce o jego bezpieczeństwo, nakazał mu opuszczenie miasta.
Wyszyński spędził większość wojny w ukryciu. Jego pierwszą kryjówką było Wrociszew. Czas, podczas którego był zmuszony ograniczyć swoją aktywność, wykorzystał na pracę naukową, w tym opracowanie kazań opartych na papieskich encyklikach społecznych. Latem 1941 roku wyjechał na Lubelszczyznę. W Kozłówce sprawował duchową opiekę nad dziećmi, które przybyły tam z Zakładu dla Niewidomych w Laskach, oraz towarzyszącymi im siostrami zakonnymi. Później, do czerwca 1942 roku, schronił się w Żułowie, z którego wyjechał do Lasek.
Pozostał w Laskach do końca okupacji niemieckiej. Służył jako kapelan w Zakładzie dla Niewidomych, prowadził wykłady i działalność konspiracyjną. Uczestniczył w Powstaniu Warszawskim jako kapelan szpitala w Laskach oraz w Zgrupowaniu Armii Krajowej "Kampinos". Z tego właśnie czasu zachował się kuferek na bańki lekarskie, które ks. Wyszyński przynosił pacjentom szpitala powstańczego w Laskach.